(1)盡量將水流組織成豎向流，即垂直于水平面向上或向下的水流，渦流反應器必須置于豎向水流中，否則會在反應器內產生絮體沉積。向上水流中置入渦流反應器形成的混凝區稱為上向流混凝區，向下水流中置入渦流反應器形成的混凝區稱為下向流混凝區。
(2)上向流混凝區和下向流混凝區可以根據具體情況組合，如"下-上"、"上-下"、"下-上-下"、"上-下-上"、"下-上-下-上"、"上-下-上-下"等，各段的水流速度應逐步降低或基本保持不變，水流通過各段總停留時間不少于5~8分鐘。
(3)選用不同表面開孔直徑與開孔率的渦流反應器控制水流過孔流速，從理論上講，前區過孔流速應略大于后區過孔流速，同時，前區反應器直徑應略小于后區反應器直徑。但一般情況下，為了便于施工和維護，可以選用相同的渦流反應器。
(4)合理地設置排泥區，原則是在可能產生泥渣沉積的區域底部設置排泥裝置，由于渦流反應器內含有懸浮泥渣，因此可以將渦流反應器之外的泥渣排盡。